南普院寺规模宏大，总占地25.8公倾，建筑面积21270平方米。从南到北主轴有天王殿、大雄宝殿、大悲殿和藏经阁四座，加上左右庑廊，钟楼鼓楼、功德楼、海会楼、普照楼、太虚图书馆、佛学院教室、养正院等。所有这些建筑依傍山势，层层托高，庄严肃穆。近些年来，在天王殿南面有放生池、两座新建的万寿塔和两个凉亭以及荷花池等，在两池之间有七座由释迦牟尼佛、迦叶佛等七尊佛像组成的七佛塔，万寿塔高11层，富有南亚佛教建筑的风格，使南普陀寺风景更加美丽。 天王殿也称弥勒殿，弥勒佛慈眉笑眼，耳垂双肩，袒胸露脐，笑容可掬，似乎对每一位游客都表示恭候光临。　　弥勒佛在印度是一尊头戴王冠、身体不胖的坐像，而在我国则成了手拿布袋体貌肥壮的光头和尚。据说他云游各地，无忧无虑，自由自在，人们怎么逗他，他总是眉开眼笑、和善待人。后来他在岳林寺磐石坐化，口中念念有词："弥勒真弥勒，分身千百亿，时时示世人，世人不自识"。天王殿两侧是魁梧高大、英俊威武的四大天王。全身显得金碧辉煌。屋顶的剪瓷艺术，耐人欣赏。逢和尚于1932年重建的，一座重檐歇山顶建筑，琉璃石柱，雕梁画栋，庄严肃穆。主要供奉过去、现在、未来"三世尊佛"，中间是释迦牟尼，东边是药师佛，西边是阿弥陀佛。

　　二楼是玉佛宝殿，有缅甸玉佛28尊，并珍藏中外佛典经书数万卷。其中较为珍贵的有宋代《碛砂藏经》，明代《大藏经》、《佛说阿弥陀经》、血书《妙法莲花经》、《日本大藏经》等，还有唐代铜佛、宋代铜塔、明代观音菩萨施甘露像，以及高僧大德的墨宝。
　　1924年，南普陀寺由临济宗转逢和尚改为十方丛林选贤制，会泉法师任第一任方丈。寺内有1925年创办的为国内最早的佛教学府－－闽南佛学院。1934年，弘一法师又增办佛教养正院，迎来了南普陀寺建寺以来前所未有的兴旺时期。1937年，佛学院因抗战而停办。十几年间佛学院共培养学生200余人，不少人为马来西亚、新加坡、菲律宾等东南亚国家的佛教事业做出巨大贡献。1985年，佛学院重新办学，现设养正院、预科班、正科班，各为两年制，1992年起又增设二年研究班，在国内及东南亚地区有着广泛的影响。南普陀寺与厦门大学仅一墙之隔，却两种意境；"古朴与摩登并存，小和尚和大学生为邻。